精子畸形癥的治療費用，主要取決于治療方法的類型，如外周精管闕如、輕度精子畸形癥、內分泌異常的輕度精子畸形癥、嚴重的精子畸形癥等，通常需要幾百到幾千元不等。

1、外周精管闕如：對于外周精管闕如的患者，治療比較簡單，一般需要進行抗炎治療，一個療程一般1000元以內就可以完成;

2、輕度精子畸形癥：對于輕度精子畸形癥的患者，治療比較簡單，幾乎不需要其他治療，一個療程1000元內就可以完成;

3、內分泌異常的輕度精子畸形癥：對于內分泌異常引起的輕度精子畸形癥，治療比較簡單，一個療程一般1000元以內就可以完成;

4、嚴重的精子畸形癥：對于嚴重的精子畸形癥患者，比如是染色體異常導致的，治療比較復雜，需要進行二次篩查或者三次篩查，一個療程時間長，一般在1-2個月左右才能夠完成。在二次篩查的時候需要進行詳細的檢查，比如染色體檢查、雄激素檢查、甲狀腺功能檢查、性激素檢查等，總體的費用會比較多，大概在3000-5000元。

精子畸形癥在治療期間應當避免熬夜，戒除煙酒等不良嗜好，平時應注意適當鍛煉身體，提高身體素質，有助于改善精子畸形率。